มีดังนี้

1. ปัญหาผู้ต้องขังล้นเรือนจำ

กรมราชทัณฑ์ได้แก้ไขโดยการสร้างเรือนจำเพิ่ม การปรับปรุงเรือนจำเก่า โดยการย้ายเรือนจำออกนอกชุมชน และใช้วิธีการปฏิบัติต่อผู้ต้องขังในชุมชน

2. ปัญหาผู้ต้องขังก่อเหตุร้ายภายในเรือนจำ

เกิดมาจากสาเหตุมากมายไม่ว่าจะเป็นการที่เจ้าหน้าที่ปฏิบัติต่อผู้ต้องขังไม่เป็นธรรม สภาพความเป็นอยู่ที่แออัด ยัดเยียด อาหารไม่มีคุณภาพ มีการเล่นพรรคเล่นพวก เกิดความกดดันทางจิตใจเกี่ยวกับคดี กำหนดโทษ ข่าวร้ายจากทางบ้าน สถานที่เรือนจำมีจุดอ่อนเอื้ออำนวยต่อการก่อเหตุร้าย เจ้าหน้าที่หย่อนยานไม่ปฏิบัติตามระเบียบของเรือนจำ ผู้บังคับบัญชาปล่อยปละละเลย เป็นต้น การแก้ปัญหาดังกล่าวจะต้องแก้ให้ถูกจุด คือ ต้องแก้ที่สาเหตุ เช่น ถ้าเกี่ยวกับตัวเจ้าหน้าที่ จะต้องมีการพัฒนา อบรม แก้ไข และมีการลงโทษ เพื่อให้เจ้าหน้าที่สามารถปฏิบัติงานให้มีประสิทธิภาพเพิ่มมากขึ้น จะต้องมีการปรับปรุงสถานที่ของเรือนจำให้มีสภาพแวดล้อมที่ดี คลายความกดดันทางด้านจิตใจ ปรับปรุงด้านอาหารการกินให้ดีถูกสุขลักษณะ ต้องปฏิบัติต่อผู้ต้องขังด้วยความมีมนุษยธรรม มีความเป็นกลาง ไม่เล่นพรรค เล่นพวก สถานที่ของเรือนจำจุดไหนเป็นจุดอ่อนง่ายต่อการก่อเหตุร้าย จะต้องรีบดำเนินการแก้ไขให้หมดไป เป็นต้น

3. ปัญหาด้านบุคลากรไม่เพียงพอ

เป็นปัจจัยที่สำคัญในการควบคุมผู้ต้องขังและการอบรมแก้ไข ตลอดจนการฝึกวิชาชีพเพื่อให้บรรลุเป้าหมายของกรมราชทัณฑ์ ซึ่งกรมราชทัณฑ์ขาดแคลนเจ้าหน้าที่ที่มีความรู้ในด้านต่างๆมากมาย ขาดขวัญกำลังใจ กรมราชทัณฑ์ได้มีการแก้ไขปัญหาดังกล่าว โดยการเพิ่มและขยายอัตราเจ้าหน้าที่ พร้อมทั้งพัฒนาเจ้าหน้าที่ที่มีอยู่เดิมให้ปฏิบัติงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ และยังได้หาเครื่องมืออุปกรณ์ที่ทันสมัยมาช่วยในการปฏิบัติงาน เพื่อแบ่งเบาภาระของเจ้าหน้าที่

4. ปัญหาด้านงบประมาณไม่เพียงพอ

กรมราชทัณฑ์ได้รับงบประมาณไม่เพียงพอในทุกๆด้าน ไม่ว่าจะเป็นด้านอัตรากำลังเจ้าหน้าที่ การก่อสร้างปรับปรุงเรือนจำ การนำเทคโนโลยีสมัยใหม่เข้ามาใช้ โดยเฉพาะงบประมาณด้านการพัฒนาอบรมแก้ไขผู้ต้องขัง เช่น ด้านการศึกษา การฝึกวิชาชีพ สวัสดิการผู้ต้องขัง และงบประมาณด้านการบริหาร เป็นต้น สาเหตุก็เนื่องมาจากภาวะทางเศรษฐกิจของชาติประสบปัญหาในด้านการเงิน การคลัง การขาดดุลทางการค้าระหว่างประเทศ ฯลฯ กรมราชทัณฑ์ก็พยายามแก้ปัญหานี้โดยจัดทำแผนทิศทางขึ้น เพื่อการวางแผนของบประมาณ โดยการเสนอโครงการเพื่อขอรับงบประมาณมาสนับสนุน

5. ปัญหาการยอมรับของสังคมต่อผู้พ้นโทษ

แม้ว่าจะมีการใช้วิธีการปฏิบัติต่อผู้ต้องขังในชุมชน โดยให้ชุมชนเข้ามามีส่วนร่วมในการแก้ไขผู้กระทำผิด แต่สังคมส่วนใหญ่ก็ยังไม่ยอมรับผู้ต้องขังที่พ้นโทษแล้ว กรมราชทัณฑ์ได้แก้ไขโดยการจัดนิทรรศการสินค้าราชทัณฑ์ เพื่อเผยแพร่ผลงานของผู้ต้องขัง และการขอความร่วมมือจากภาครัฐและเอกชนในการจัดหางาน และช่วยเหลือด้านอื่นๆ แก่ผู้พ้นโทษ